Geboren 1974 in Leinefelde, studierte an der Georg-August-Universität in Göttingen Mittlere und Neuere Geschichte, Ur- und Frühgeschichte sowie Kunstgeschichte. Seine Magisterprüfung legte er im Jahr 2001 bei Prof. Dr. Ernst Schubert ab. Ab August 1999 bis November 2005 leitete Müller das Stadtarchiv der Stadt Heilbad Heiligenstadt. Von Dezember 2005 bis Januar 2006 war er Fachreferent für Kulturgeschichte an den Mühlhäuser Museen, seit Februar 2006 ist er deren Direktor. Seit dem Jahr 1998 ist er im Vorstand bzw. Beirat des Vereins für Eichsfeldische Heimatkunde, seit demselben Jahr Mitglied der Redaktion des Eichsfeld-Jahrbuchs und seit 2000 Schriftleiter desselben.
Müller publizierte in zahlreichen Zeitschriften zur Geschichte des Eichsfeldes und zum Bauernkrieg und ist Mitglied im Vorstand der Thomas-Müntzer-Gesellschaft. Gemeinsam mit weiteren Autoren gab er ein Buch zur Geschichte der Stadt Worbis unter dem Titel Worbis die Stadt der Wipperquellen in alten und neuen Bildern (2001) heraus. Seit Sommer 2001 promoviert Müller an der Universität Erfurt über den Bauernkrieg in der Stadt Mühlhausen.
2001 erschien von ihm der Titel Bauernkrieg nach dem Bauernkrieg. Die Verwüstung der Mühlhäuser Dörfer Dörna, Hollenbach und Lengefeld durch Eichsfelder Adel und Klerus.